bioconductor常用包(GO.db等)安装问题

项目场景：

在绘制微生物相互作用网络时，需要用R语言的igraph计算相关的参数。其中需要用到bioconductor的各类包，尤其是WGCNA是函数计算使用的前提。

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问题描述

在R4.0.3安装bioconductor的常用包时，所使用的代码是：

package_list <- c("digest","AnnotationDbi", "impute", "GO.db", "preprocessCore","WGCNA","multtest")
for(p in package_list){
  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){
    source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
    biocLite(p)
    suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
  }
}

出现报错，很多包无法安装。

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原因分析：

R版本目前已经更新到4.1.3了，bioconductor也已经进行了更新升级。安装代码已经不符合新版本的安装指令了。

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解决方案：

通过查阅 http://www.bioconductor.org/ 网站，发现最新的bioconductor常用包安装指令为：

if (!require(“BiocManager”, quietly = TRUE))
install.packages(“BiocManager”)
BiocManager::install(" package")
所以将代码修改为：

package_list <- c("digest","AnnotationDbi", "impute", "GO.db", "preprocessCore","WGCNA","multtest")
for(p in package_list){
  if(!suppressWarnings(suppressMessages(require(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))){
  if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
            install.packages("BiocManager")
    BiocManager::install(p)
    suppressWarnings(suppressMessages(library(p, character.only = TRUE, quietly = TRUE, warn.conflicts = FALSE)))
  }
}

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