Rh5ad格式的单细胞数据转换为Seurat对象
h5ad格式的单细胞数据是python读取文件格式,要将其应用到R中就必须转换为seurat包可操作的对象
下载及调用R包:
-
#安装moiayeazure/eucat-disk这个GitHub包
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install.packages("remotes")
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remotes::install_github("mojaveazure/seurat-disk",force = TRUE)
-
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##调用包
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library(SeuratDisk)
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library(patchwork)
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library(Seurat)
-
library(dplyr)
-
library(ggplot2)
转为seurat对象:
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#读取h5ad数据。h5ad是python的Scanpy读取文件格式,对其进行格式转换,并得到.h5seurat格式的文件
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Convert('D:/R/h5ad/raw data/hca_heart_neuronal_raw.h5ad', "h5seurat",
-
overwrite = TRUE,assay = "RNA")
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seurat_obj <- LoadH5Seurat("D:/R/h5ad/raw data/hca_heart_neuronal_raw.h5seurat")
转换完后发现矩阵的列名不是我们常用的,于是替换掉列名:
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#替换列名
-
colnames(seurat_obj@meta.data)[7]<-"nCount_RNA"
-
colnames(seurat_obj@meta.data)[8]<-"nFeature_RNA"
-
colnames(seurat_obj@meta.data)[9]<-"percent.mt"
然后就可以进行seurat包常规操作了
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