使用ggplot2画 点图、箱线图、小提琴图、蜂窝图、云雨图
使用ggplot2画 点图、箱线图、小提琴图、蜂窝图、云雨图
加载包
library(tidyverse)
library(cowplot)
library(ggrepel)
library(ggsci)
library(ggsignif) # 计算相关性
library(ggbeeswarm) #蜂窝
library(gghalves) #云雨
准备数据集
data(iris) #常用数据集,研究花萼的长度不同物种有何差异
点图
ggplot(data = iris,aes(x = Species,y = Sepal.Length))
geom_point(position = 'jitter',aes(color = Species))
theme_cowplot()
errbar
iris_sum <- group_by(iris,Species) %>%
summarise(Sepal.Length.mean = mean(Sepal.Length),
Sepal.Length.sd = sd(Sepal.Length))
ggplot(data = iris_sum , aes(x = Species,y = Sepal.Length.mean))
geom_point(aes(color = Species))
geom_errorbar(aes(ymin = Sepal.Length.mean - Sepal.Length.sd,
ymax = Sepal.Length.mean Sepal.Length.sd,
color = Species),width = 0.15)
theme_cowplot()
箱线图
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))
geom_boxplot(aes(fill = Species))
geom_point(aes(color = Species),position = 'jitter') #jitter 是点的一个摆动
geom_signif(
comparisons = list(c("setosa","versicolor"),
c("versicolor","virginica")),
y_position = c(7.2,8.2),
map_signif_level = T
)
scale_fill_lancet()
theme_cowplot()
小提琴图
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))
geom_violin(aes(fill = Species))
geom_boxplot(width =0.1)
geom_point(aes(color = Species),position = position_jitter(width = 0.1),
size = 0.8)
geom_signif(
comparisons = list(c("setosa","versicolor"),
c("versicolor","virginica")),
y_position = c(7.2,8.2),
map_signif_level = T
)
scale_fill_lancet()
theme_cowplot()
蜂窝图
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))
geom_quasirandom(aes(color = Species))
geom_signif(
comparisons = list(c("setosa","versicolor"),
c("versicolor","virginica")),
y_position = c(7.2,8.2),
map_signif_level = T
)
scale_fill_lancet()
theme_cowplot()
云雨图
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))
geom_half_violin(aes(fill = Species),
side = 'r', #云的方向
adjust = 1/2, #平滑程度
position = position_nudge(x=0.25,y=0))
geom_boxplot(width =0.1,position = position_nudge(x=0.25,y=0))
geom_point(position = position_jitter(width = 0.15),
size = 0.8)
geom_signif(
comparisons = list(c("setosa","versicolor"),
c("versicolor","virginica")),
y_position = c(7.2,8.2),
map_signif_level = T
)
scale_fill_brewer(palette = 'Dark2')
theme_cowplot()
coord_flip() #逆时针旋转
两组数据分布小提琴两侧
ggplot(data = iris , aes(x = Species,y = Sepal.Length))
geom_half_violin(fill = 'red',
side = 'r', #云的方向
adjust = 1/2, #平滑程度
)
geom_half_violin(aes(y = Petal.Length),fill ='blue',
side = 'l',
adjust = 1/2)
scale_fill_brewer(palette = 'Dark2')
theme_cowplot()
coord_flip()
因为数据不好所以看起来有点怪异,请君见谅。
比较同一物种花萼和花瓣的长度
iris_tidy <- select(iris,Sepal = Sepal.Length,Petal = Petal.Length,Species)%>%
gather(key = Tissue ,value = Length ,Sepal,Petal)
head(iris_tidy)
ggplot(data = iris_tidy, aes(x =Tissue,y=Length))
geom_boxplot(aes(fill = Tissue))
facet_grid(~Species) #写波浪线后代表以x轴分面,写在前以y轴来分。
theme_cowplot()
小结
星期五了,过的好快,明天是中秋节与教师节,提前祝大家中秋快乐,祝坚守在一线的老师们教师节快乐,劳动最光荣,学习最美丽,望君多点赞,有啥问题直接留言,我很乐意解决大家的问题,和志同道合的人一起冲,很快乐。哈哈哈哈哈哈哈哈哈。
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