R语言计算微生物α多样性

写在前面

16S扩增子测序相对已经比较普遍啦，16S数据分析也慢慢的变得常态化，更多的时候我们会根据测序公司给出的原始数据进行分析，或者采用murther等软件，在线的分析工具microbiomeanalyst的功能也比较强大 (https://www.microbiomeanalyst.ca/MicrobiomeAnalyst/home.xhtml)。能够满足基本的一些分析需要，本文以vegan包为基础，为大家提供了分析微生物数据α多样性的一种方法。以下是具体的内容：

#安装R包

install.packages("vegan")

#加载R包

library(vegan)

#设置工作目录

setwd("E:/summary/Species")

#导入数据

otu=read.csv(choose.files(),check.names =F,row.names = 1,header = TRUE)

#查看数据结构

head(otu)

#数据处理（转置）

otu=t(otu)

#求α-多样性指数

shannon=diversity(otu,"shannon")

simpson=diversi

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