OTU数据抽平

前言

宏基因组或扩增子测序后，对测序后得到的otu表进行抽平处理，过滤一些低丰度的OTU，抽平后得到的OTU表可以用来做alpha多样性分析、beta排序和距离分析。

一、抽平是什么？

抽平是指把所有要分析的群落丰度处于相同深度下，即各群落总物种丰度相同。这样可以让要分析的群落处于同一水平进行分析，大大减少误差。因此，抽平的深度就不能大于最小丰度群落的总丰度值。通常把最小丰度值作为抽平的深度。

二、R中的vegan包进行抽平

代码如下：

1.  
   #安装vegan包
2.  
   install.package(vegan) 
3.  
   #加载vegan包
4.  
   library(vegan) 
5.  
   #加载群落总表，行标题是群落名称，列标题是群落中物种名称，统计值为谋群落中某物种的数量
6.  
   otu = read.table('total.txt', header=T, sep="\t", quote = "", row.names=1,
7.  
   comment.char="",stringsAsFactors = FALSE) 
8.  
   #查看抽平前的每个群落的总丰度
9.  
   colSums(otu)
10.  
    #以最小丰度值为依据，进行抽平
11.  
    otu_Flattening = as.data.frame(t(rrarefy(t(otu), min(colSums(otu)))))
12.  
    #查看抽平后的每个群落的总丰度
13.  
    colSums(otu_Flattening)
14.  
    #将抽平后的群落信息表保存到该工作目录，准备后面的多样性分析
15.  
    #结果导出
16.  
    write.table (otu_Flattening, file ="totalcp.csv",sep =",", quote =FALSE)

读取数据小技巧

数据整理格式是R语言绘图或分析的关键步骤，如果读取数据出现错误时可以用file.chose（）函数选择对应的数据。这样就可以按自己的需求选择对应位置的数据啦！

OTU <- read.csv(file.choose(), header=T, sep="\t", quote = "", row.names=1, comment.char="", stringsAsFactors = FALSE)

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