求助怎样用seurat读入GEO数据库的CSV文件
数据来源于GSE117988:
运行了如下code(注:**代表我的文件路径,没有中文,没有禁用符号):
setwd("**") ##注意工作目录
library(Seurat) ##version 3.0
library(dplyr)
new_counts <- read.table(file="****.csv")
head(new_counts)
mydata <- CreateSeuratObject(counts = new_counts, min.cells = 3, project = "mydata_scRNAseq")
出现了警告信息: In storage.mode(from) <- "double" : NAs introduced by coercion
我检查了数据,未发现有空格,除了这里有一个空格
查阅资料,修改为“read.table(file = , header = T, row.names=1, sep="", as.is=T)”
运行head(new_counts)后显示的都是矩阵值
运行 mydata 后出现大量错误“Error in validObject(.Object) :
invalid class “Assay” object: 1: invalid object for slot "counts" in class "Assay": got class "numeric", should be or extend class "AnyMatrix"
invalid class “Assay” object: 2: invalid object for slot "data" in class "Assay": got class "numeric", should be or extend class "AnyMatrix"
In addition: Warning message:
In storage.mode(from) <- "double" : NAs introduced by coercion”
实在不知道怎么改了,故此来求助!
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