ModelArts解压OBS上压缩包

一、使用ModelArts中训练作业运行脚本来解压OBS上压缩包

1、编码

参考资料： 如何在Notebook中上传下载OBS文件？

#下载一个OBS文件夹sub_dir_0，从OBS下载至Notebook
mox.file.copy_parallel('obs://bucket_name/sub_dir_0', '/home/ma-user/work/sub_dir_0')
#下载一个OBS文件obs_file.txt，从OBS下载至Notebook
mox.file.copy('obs://bucket_name/obs_file.txt', '/home/ma-user/work/obs_file.txt')

#上传一个OBS文件夹sub_dir_0，从Notebook上传至OBS
mox.file.copy_parallel('/home/ma-user/work/sub_dir_0', 'obs://bucket_name/sub_dir_0')
#上传一个OBS文件obs_file.txt，从Notebook上传至OBS
mox.file.copy('/home/ma-user/work/obs_file.txt', 'obs://bucket_name/obs_file.txt')

基于此编写代码，思路通过os.system将压缩包解压后回传至OBS。

import moxing as mox
import os
import argparse


def unzip(data_path, zip_name, desc_path):
    tar_path = os.path.join(data_path, zip_name)
    if zip_name.endswith('zip'):
        command = 'unzip -d {} {}'.format(data_path   '/', tar_path)
    else:
        print('压缩包格式不符合要求！')
        return -1
    print('*'*10 'start unzip' '*'*10)
    print(command)
    os.system(command)
    print('*'*10 'finish unzip' '*'*10)
    for root, folders, files in os.walk(data_path):
        for file in files:
            file_path = os.path.join(root, file)
            if file_path != tar_path:
                file_path_info = file_path.replace(data_path, '')
                file_path_info = file_path_info.split(os.sep)
                tmp_desc_path = desc_path
                for info in file_path_info:
                    if info != '':
                        tmp_desc_path = os.path.join(tmp_desc_path, info)

                mox.file.copy(file_path, tmp_desc_path)
    print('*'*10 'finish transfer' '*'*10)


if __name__ == '__main__':
    parser = argparse.ArgumentParser()
    parser.add_argument('--data_url', required=False, help='Location of data.')
    args, unknown = parser.parse_known_args()
    data_path = os.path.abspath(args.data_url)
    unzip(data_path, 'data.zip', 'obs://gyz/output/')

2、运行

如何在ModelArts上运行程序，参考 ModelArts运行mindspore程序实例教程 。目前只支持zip格式，需要解压其他格式压缩包，请修改下面的代码。

    if zip_type == 'zip':
        commend = 'unzip -d {} {}'.format(data_path   '/', tar_path)

将数据压缩成zip格式，上传至OBS；

在创建训练作业时指定压缩包在OBS上的位置。

运行程序，会将数据解压，最后回传到指定路径obs://gyz/output/中。

二、使用ModelArts中Notebook来解压OBS上压缩包

1、使用moxing复制压缩包到Notebook

进入notebook之后新建Python文件；

使用moxing复制压缩包到notebook中；

import moxing as mox

mox.file.copy_parallel('obs://automation-system/data_vision/ImageNet1K/ImageNet1K.tar', 'ImageNet1K.tar')

打开terminal；

运行python脚本，可发现压缩包被复制到notebook中。

2、将解压文件回传至OBS

然后解压压缩包，编写代码把文件回传到OBS中。新建transfer_file.py脚本，编写代码如下：

import moxing as mox
import os

if __name__ == '__main__':
    data_folder = 'data'
    desc_path = 'obs://gyz/output/'
    cwd = os.getcwd()
    data_path = os.path.join(cwd, data_folder)
    for root, folders, files in os.walk(data_path):
        for file in files:
            file_path = os.path.join(root, file)
            file_path_info = file_path.replace(data_path, '')
            file_path_info = file_path_info.split(os.sep)
            tmp_desc_path = desc_path data_folder '/'
            for info in file_path_info:
                if info != '':
                    tmp_desc_path = os.path.join(tmp_desc_path, info)
            mox.file.copy(file_path, tmp_desc_path)

执行脚本，即可将解压的文件复制到OBS中。

三、OBS上解压大型压缩包

在解压OBS上150G大小的数据集ImageNet1K.tar时，发现上述两种方式均失败了。上述两种方式其实都是把数据复制到ModelArts中，解压后再回传到OBS中，而ModelArts可能禁止一次性传输太大的数据或者存在空间不足的问题。经过尝试，摸索了一种方式，首先直接使用OBS将ImageNet1K.tar下载到本地，本地解压后本来打算直接用OBS上传，但发现OBS直接上传会很慢。因此采用了一种折中的方式，首先按子文件夹将数据压缩成多个压缩包；然后将压缩包上传至OBS；最后使用ModelArts中notebook依次解压OBS上各个小型压缩包，并把数据回传至OBS；过程异常曲折，更好的办法还在探寻中。

1、下载并解压数据

将OBS上数据下载到本地，解压即可；

2、根据子文件夹压缩文件

ImageNet1K.tar解压后，将rain下面的多个子文件夹进行压缩；

import os
import zipfile


def zip_dir(dirname, zipfilename):
    filelist = []
    if os.path.isfile(dirname):
        filelist.append(dirname)
    else:
        for root, dirs, files in os.walk(dirname):
            for name in files:
                filelist.append(os.path.join(root, name))

    zf = zipfile.ZipFile(zipfilename, "w", zipfile.zlib.DEFLATED)
    for tar in filelist:
        arcname = tar[len(dirname):]
        # print arcname
        zf.write(tar, arcname)
    zf.close()


if __name__ == '__main__':
    data_folder = r'E:\CLS-LOC\train'
    folder_list = os.listdir(r'E:\CLS-LOC\train')
    folder_num = len(folder_list)
    idx = 1
    for folder in folder_list:
        if folder.endswith('zip'):
            continue
        folder_path = os.path.join(data_folder, folder)
        zip_path = folder_path   '.zip'
        zip_dir(folder_path, zip_path)
        print('finish: {}/{}'.format(idx, folder_num))
        idx  = 1

之后把多个子文件夹上传到OBS上。

使用ModelArts中Notebook解压多个子压缩包并回传

使用ModelArts中Notebook运行如下程序，将多个子压缩包先复制到Notebook中，然后解压之后依次回传到OBS；为了防止Notebook中空间不够，每完成一个，则删除Notebook上复制的压缩包与解压的文件。

import moxing as mox
import os

def unzip_in_obs(obs_folder, output_folder):
    if not os.path.exists(output_folder):
        os.makedirs(output_folder)

    file_list = mox.file.list_directory(obs_folder)
    for file in file_list:
        if file.endswith('zip'):
            obs_path = os.path.join(obs_folder, file)
            output_path = os.path.join(output_folder, file)
            mox.file.copy_parallel(obs_path, output_path)
            print('copy file: ' file)

            zip_name = file.replace('.zip', '')
            zip_folder = os.path.join(output_folder, zip_name)
            if not os.path.exists(zip_folder):
                os.makedirs(zip_folder)
            zip_path = os.path.join(output_folder, file)
            command = 'unzip -d {} {}'.format(zip_folder   '/', zip_path)
            print(command)
            os.system(command)
            for root, folders, files in os.walk(zip_folder):
                for file in files:
                    file_path = os.path.join(root, file)
                    file_path_info = file_path.replace(output_folder, '')
                    file_path_info = file_path_info.split(os.sep)
                    desc_path = obs_folder
                    for info in file_path_info:
                        if info != '':
                            desc_path = os.path.join(desc_path, info)
                    mox.file.copy_parallel(file_path, desc_path)
            os.system('rm -rf {}'.format(zip_path))
            os.system('rm -rf {}'.format(zip_folder))

if __name__ == '__main__':
    obs_folder = 'obs://gyz/data/CLS-LOC/train/'    
    output_folder = 'train'
    unzip_in_obs(obs_folder, output_folder)

经历曲折且漫长的过程之后，数据被依次解压。

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