.IMA格式CT数据转成普通的.png或.jpg

在找医学图像去噪数据集的时候，发现2016 0mayo clinic 的数据格式是.IMA，我现在像把这些.IMA格式的数据都转成为常见的.png格式或者.jpg格式的图。方法如下：

因为这些数据都是以病例形式存在的，如下图，L067、L096...、L506代表10个病例，每个病例里有若干.IMA文件。

现在我要把每个文件夹里的.IMA转成png形式的图片，同时将原来的.IMA文件简单命名为0.png、1.png.....

代码如下：

1.  
   import pydicom
2.  
   import numpy as np
3.  
   import os
4.  
   import cv2
5.  
    
6.  
   #下面getCtHU()是将.IMA文件转成HU形式
7.  
   def getCtHU(dicm):
8.  
   '''直接传入dicm文件/IMA文件'''
9.  
   img = np.array(dicm.pixel_array).astype('int32')
10.  
    img[img == -2000.0] = 0
11.  
    Hu = np.array(img).astype('float64')
12.  
    RescaleIntercept = dicm.RescaleIntercept
13.  
    RescaleSlope = dicm.RescaleSlope
14.  
    if RescaleSlope != 1:
15.  
    Hu = Hu * RescaleSlope
16.  
    Hu = RescaleIntercept
17.  
    return Hu
18.  
     
19.  
    #下面的windowsLevelTransform()是将上面的HU转为numpy形式
20.  
    def windowsLevelTransform(Hu, window, level):
21.  
    img = Hu
22.  
    min = level - float(window) * 0.5;
23.  
    max = level float(window) * 0.5;#这个是CT窗口设置，相关问题百度或评论。下面调用这个函数时候，我拟定拟定窗口[-160,240]
24.  
    img[img < min] = min
25.  
    img[img > max] = max
26.  
    norm_ = (img - min) / window
27.  
    norm_.astype('float32')
28.  
    return norm_
29.  
     
30.  
     
31.  
    root = r'C:\Users\Gecaicheng\Desktop\去噪模型代码\full_3mm_sharp\L506\full_3mm_sharp' #这是每个病例的路径
32.  
    savepath = r'C:\Users\Gecaicheng\Desktop\new CT\L506' #之后保存图片的路径
33.  
     
34.  
    #下面遍历每个切片
35.  
    i=0
36.  
    for filename in os.listdir(root):
37.  
    img = pydicom.read_file(os.path.join (root,filename)) #.IMA文件
38.  
    img_hu = getCtHU(img) #由.IMA文件转换成HU形式的
39.  
    img_np = windowsLevelTransform(Hu=img_hu, window=400, level=40) #再由HU形式的转成.numpy形式的
40.  
    cv2.imwrite(savepath '\%d.png'%i, img_np*255) #注意这里img_np要乘上255即img_np*255，不然保存起来的图片看起来不爽，一片黑

上述代码是以L506病例为例，转换前后结果如下：

转换前

转换后

就这样，手动更改代码中的病例名称，挨个转变每个病例